Правильность включения электросчетчика.

[Макс]

В моем случае перепутаны концы И1, И2.

Если Вы знаете, что перепутаны концы, то переключите их в соответствии с приведёнными схемами.

Если это имеет значение почему тогда о этом ничего не сказано в паспортах на счетчик и на трансформаторы тока? И есть ли вообще документ регламентирующий это условие?

Обратитесь за схемами подключения и разъяснениями к заводам-производителям, если лень перекинуть два провода.