Грамотно составленная смета - залог открытости и взаимопонимания сторон.
Тогда не подписывайте такой договор, а договаривайтесь на берегу. В чём проблема? А если жалко упускать такую работу, то идите на уступки и берите расходы на себя. Не вижу предмета споров.
А прятать не стоит, необходимо открыто обсуждать условия договора. Спрятав эти позиции подрядчик тем самым идёт на обман и вводит заказчика изначально в заблуждение, отсюда и проблемы.