Учет в подстанции или на объекте, как лучше?

[Станислав]

как бы все это хозяйство теперь привести в порядок.

Первым делом добейтесь о порядке доступа к своей собственности. Посмотрите обязанности сторон в договоре и изучите его, там должен быть пункт об организации доступа к приборам учёта и аппаратам защиты.

Будет ли правильнее организовывать учет на каждом объекте? пойдет ли на это энергоснабжающая организация?

Сейчас уже поздно, никто не даст Вам переоформить границу балансовой и эксплуатационной ответственности. Потребуйте от энергоснабжающей компании, чтобы осуществили подключение сторонних организаций минуя Вашего узла учёта, чтобы они ничего не вычитали из общих показаний, а принимали показания в соответствии с потреблённой электроэнергией больницей в соответствии с показаниями. Установите контрольные приборы учёта в вводно-распределительных устройствах больницы.