Можно ли прокладывать алюминиевые кабели питания ВРУ по зданию?

[Станислав]

Кабели не являются транзитными, ведь все блоки относятся к одному зданию

Согласен с Вами. ПУЭ, п. 7.1.22. На вводе в здание должно быть установлено ВУ или ВРУ. В здании может устанавливаться одно или несколько ВУ или ВРУ. При наличии в здании нескольких обособленных в хозяйственном отношении потребителей у каждого из них рекомендуется устанавливать самостоятельное ВУ или ВРУ. п. 7.1.42. Через подвалы и технические подполья секций здания допускается прокладка силовых кабелей напряжением до 1 кВ, питающих электроприемники других секций здания. Указанные кабели не рассматриваются как транзитные.

Кабель алюминиевый.

п. 7.1.34. Питающие и распределительные сети, как правило, должны выполняться кабелями и проводами с алюминиевыми жилами, если их расчетное сечение равно 16 мм2 и более.

На вводе в здание планируется установить муфты и заменить на кабель той же марки только с исполнением нг-LS.

А зачем? Нет смысла делать дополнительное соединение в питающей линии. У Вас оболочки вводных кабелей состоят из сгораемых материалов?
п. 2.3.40. При прокладке кабельных линий в кабельных сооружениях, а также в производственных помещениях бронированные кабели не должны иметь поверх брони, а небронированные кабели - поверх металлических оболочек защитных покровов из горючих материалов. Для открытой прокладки не допускается применять силовые и контрольные кабели с горючей полиэтиленовой изоляцией. Металлические оболочки кабелей и металлические поверхности, по которым они прокладываются, должны быть защищены негорючим антикоррозийным покрытием. При прокладке в помещениях с агрессивной средой должны применяться кабели, стойкие к воздействию этой среды.

Кабели будут проложены по лоткам лестничного типа.

Здесь надо смотреть из каких материалов состоит конструкция подвала (сгораемые или несгораемые).

требуется ли прокладывать в огнестойких конструкциях кабели питания ВРУ одного пожарного отсека через другой?

Все конструкции для прокладки кабеля должны быть выполнены из несгораемых материалов.
п. 2.1.32. При выборе вида электропроводки и способа прокладки проводов и кабелей должны учитываться требования электробезопасности и пожарной безопасности.
п. 2.1.33. Выбор видов электропроводки, выбор проводов и кабелей и способа их прокладки следует осуществлять в соответствии с табл. 2.1.2. При наличии одновременно двух или более условий, характеризующих окружающую среду, электропроводка должна соответствовать всем этим условиям.
п. 2.3.18. Кабельные сооружения и конструкции, на которых укладываются кабели, должны выполняться из несгораемых материалов.

Можно ли тянуть алюминиевые кабели питания ВРУ по зданию, если протяженность линии ~ 50м?

На этот вопрос я уже дал ссылку. В Вашем случае не только можно, но и нужно. Нет смысла резать кабель и устанавливать дополнительные соединения, так как такое техническое решение ухудшает надежность энергоснабжения объекта.