Где надо разделять проводник PEN на PE и N проводники?

[Станислав]

А почему на данной схеме мы пропускаем РЕ проводник через счетчик

Это не РЕ-проводник, а проводник узла учёта. Его можете считать дополнительной перемычкой.

При том что по схем разделение PEN уже сделано.

Узел учёта устоновлен в точке разделения PEN-проводника. Данная схема считается более надёжной, так как имеет меньшее число излишних соединений.